Moin,
so ganz viel kann ich mit Deiner Beschreibung niht anfangen. Jedenfalls kann der Kies nicht gammeln, das sind normalerweise QUarzkörner. Es kann also nur der "Dreck" zwischen den Körnern gammel.
Zu Ursachenerforschung wäre eine weitere Beschreibung Deines Beckens notwendig.
So ganz nebenbei: generell ist ein Aquarium und insbesondere der Boden kein Operationssaal !
Vielleicht hilft Dir
das hier erst mal weiter.