Interessanter Artikel auf Spiegel Online (II) - L-Welse.com Forum

L172 · 04.10.2007, 22:50

Hallo!

Naja, die Idee an sich ist ja nicht schlecht. Allerdings braucht es erstmal und weiterhin Taxonomen, die die Arten bestimmen. Was nützt es, wenn Du eine tolle Sequenz hast, aber keinen Schimmer, was welche Art das nun war.

Und, bei der Frage, ob Ixinandria nun aus einer, zwei oder drei Arten besteht, wird uns das System auch nicht helfen können. Da müsste man dann nämlich, wie in dem anderen Thread schon angesprochen, sagen: ab x% Unterschied sind es zwei Arten, darunter nicht.

Die Maschine, von der er spricht, wo links das Tier reingeschoben wird und rechts die Sequenz rauskommt, das ist ein Traum. Aber da sind wir wohl noch weit von entfernt...
Wenn ich sehe, wie viele Probleme meine Kollegen und ich OFT haben, aus einer Gewebeprobe eine Sequenz zu bekommen...
Zuerst muss die PCR funktionieren, um das COI-Fragment zu amplifizieren (und da sind die Primer von Hebert nicht perfekt! Zum einen funktionieren sie nicht mit allen Proben/Arten, zum anderen erbringen sie oft mehrere Fragmente, was dann ein einfaches Sequenzieren effektiv unterbindet). Als zweiter Schritt muss die Aufreinigung funktionieren. Dafür gibt es effiziente Kits. ABER, das heißt noch lange nicht, dass danach die Sequenzierung auch funktioniert...
Bei mir funktioniert sie DEUTLICH besser, wenn per Hand aufgereinigt wird, was aber OFT einen Verlust des Materials mit sich bringt, wonach man wieder von vorne anfangen muss...

Bis all diese Probleme gelöst sind, wird noch eine Zeit vergehen. Effektive Systeme dieser Art als große Maschine halte ich sogar für einigermaßen realistisch, aber bis es sowas im Taschenformat geben wird - da wird noch VIEL Zeit vergehen.

Außerdem verstehe ich nicht, wie er folgendes Beispiel lösen will:
"Man kippe links ein Kilo Tiermix rein und erhält "kurz" darauf eine Liste aller Arten, die darin enthalten waren"

Ein Sequenzierer mag noch so effizient sein, aber wenn Du Material von zwei oder mehr Arten zusammenkippst, kommt Müll raus, weil sich die Signale überlagern und Du/er nicht weiss/t welches von welcher Art ist...

Sprich, eine Feder reinschieben und den Namen erhalten, ok.
Aber mal den Kescher durchs Wasser ziehen und den Insekten-Schnecken-Egel-Fisch-Mix reinkippen und eine Liste der Arten erhalten ist IMHO nicht drinnen

Falls ich irgendwo falsch liege, bitte belehrt mich :-)

Grüße,
Christian

Themen-Optionen
Druckbare Version zeigen Jemanden per E-Mail auf dieses Thema hinweisen
Ansicht
Zur Linear-Darstellung wechseln Zur Hybrid-Darstellung wechseln Baum-Darstellung

Ähnliche Themen
Thema	Autor	Forum	Antworten	Letzter Beitrag
Möglichst viele Aquas auf wenig raum nur wie?	melanieT	Einrichtung von Welsbecken	27	11.07.2007 13:55
01. Physiologische Effekte von CO2 auf Wirbellose und Fische	Borbi	Podium F.A.Q.	3	15.04.2007 11:45
Gründe warum man -Wels- süchtig ist !!	MAC	OffTopic	21	19.02.2007 15:23

04.10.2007, 22:50	#3
L172 Cascudo Registriert seit: 27.10.2003 Ort: Bingen am Rhein Beiträge: 3.001	Hallo! Naja, die Idee an sich ist ja nicht schlecht. Allerdings braucht es erstmal und weiterhin Taxonomen, die die Arten bestimmen. Was nützt es, wenn Du eine tolle Sequenz hast, aber keinen Schimmer, was welche Art das nun war. Und, bei der Frage, ob Ixinandria nun aus einer, zwei oder drei Arten besteht, wird uns das System auch nicht helfen können. Da müsste man dann nämlich, wie in dem anderen Thread schon angesprochen, sagen: ab x% Unterschied sind es zwei Arten, darunter nicht. Die Maschine, von der er spricht, wo links das Tier reingeschoben wird und rechts die Sequenz rauskommt, das ist ein Traum. Aber da sind wir wohl noch weit von entfernt... Wenn ich sehe, wie viele Probleme meine Kollegen und ich OFT haben, aus einer Gewebeprobe eine Sequenz zu bekommen... Zuerst muss die PCR funktionieren, um das COI-Fragment zu amplifizieren (und da sind die Primer von Hebert nicht perfekt! Zum einen funktionieren sie nicht mit allen Proben/Arten, zum anderen erbringen sie oft mehrere Fragmente, was dann ein einfaches Sequenzieren effektiv unterbindet). Als zweiter Schritt muss die Aufreinigung funktionieren. Dafür gibt es effiziente Kits. ABER, das heißt noch lange nicht, dass danach die Sequenzierung auch funktioniert... Bei mir funktioniert sie DEUTLICH besser, wenn per Hand aufgereinigt wird, was aber OFT einen Verlust des Materials mit sich bringt, wonach man wieder von vorne anfangen muss... Bis all diese Probleme gelöst sind, wird noch eine Zeit vergehen. Effektive Systeme dieser Art als große Maschine halte ich sogar für einigermaßen realistisch, aber bis es sowas im Taschenformat geben wird - da wird noch VIEL Zeit vergehen. Außerdem verstehe ich nicht, wie er folgendes Beispiel lösen will: "Man kippe links ein Kilo Tiermix rein und erhält "kurz" darauf eine Liste aller Arten, die darin enthalten waren" Ein Sequenzierer mag noch so effizient sein, aber wenn Du Material von zwei oder mehr Arten zusammenkippst, kommt Müll raus, weil sich die Signale überlagern und Du/er nicht weiss/t welches von welcher Art ist... Sprich, eine Feder reinschieben und den Namen erhalten, ok. Aber mal den Kescher durchs Wasser ziehen und den Insekten-Schnecken-Egel-Fisch-Mix reinkippen und eine Liste der Arten erhalten ist IMHO nicht drinnen Falls ich irgendwo falsch liege, bitte belehrt mich :-) Grüße, Christian